肝癌患者复发率很高，质子治疗复发性肝癌是安全有效的，特别是病灶位于周边、肝功能好的患者。Hashimoto等在27例质子治疗，后复发的肝癌患者中，行两次或多次质子治疗，两次治疗之间中位间隔时间为24.5个月（3.3~79.8个月）。
首次质子治疗的中位剂量为72CGE/16F，再次质子治疗的中位剂量为66CGE/16F，全组患者5年局控率为87.8%，5年生存率为55.6%，中位生存时间为62.2个月。5例患者出现3度及以上的副反应，其中2例出现急性肝功能衰竭。
结果表明与首程质子治疗相比，再程质子治疗并没有增加治疗的毒性，也没有降低局部控制。有一例患者男性48岁，发现肝占位2月余，介入治疗后3天，彩超和MRI显示肝右后叶巨块形肝癌，门脉主干及右支内栓子形成。
行质子治疗DT 66CGE/33F，出院时无不适感觉，肝功能未见异常，复査PET-CT示肝右后，叶病灶区未见高代谢灶。而一例患者男性，发现肝右叶占位2月余入院，MRI示右前叶小肝癌，肝硬化，脾大，胆囊多发结石，可行质子治疗，肝右叶肝癌同时行保肝对症治疗。